В первой половине XVIII в. петербургское старообрядчество было представлено по преимуществу поморцами. Старообрядцы играли едва ли не ведущую роль среди столичного купечества.
В 1760 г. старообрядцы-поморцы основали в Охтинской верхней слободе, как называли тогда Малую Охту, свое кладбище – самое старое старообрядческое в Петербурге. Его появление тут было не случайно. С одной стороны, Охта – это фактически самостоятельное поселение с собственным самоуправлением, удаленное от города: здесь кладбище не бросалось в глаза полицейской власти. С другой стороны, среди населявших Охту плотников было много старообрядцев.
Во второй половине XVIII в. отношение государственной власти к старообрядцам становится более терпимым. В октябре 1763 г. Екатерина II выступала на общей конференции Синода и Сената против жестокого преследования раскольников. Осенью 1768 г. последовал указ, давший Малоохтинскому старообрядческому кладбищу официальный статус. Одновременно была расширена его территория. Вскоре кладбище стало одним из центров петербургских поморцев.
Вплоть до начала XX в. кладбища играли огромную роль в жизни старообрядческих общин, так как до 1883 г. им было запрещено строить церкви. Большинство существовавших молелен, появившихся главным образом при Екатерине II, возникли явочным порядком и в любой момент могли быть закрыты. Прямого же запрета на устройство кладбищ не существовало. В результате у старообрядцев именно кладбища (прежде всего, Преображенское и Рогожское в Москве) стали конфессиональными центрами. При них основываются молитвенные дома и целые скиты-монастыри, богадельни, столовые, другие благотворительные учреждения, книгописные и иконописные мастерские.
В начале XIX в. Малоохтинское кладбище продолжало играть в жизни петербургской поморской общины важную роль. На деньги купца Макея Ивановича Ундозерова на кладбище в 1792 г. была построена каменная моленная «с высоким куполом и колокольней», в 1802 и 1809 гг. прирезаны дополнительные участки, появилась богадельня, а позже и больница. В 1820-е гг. при кладбище без видов на жительство жило около ста пятидесяти человек.
Еще с 1762 г. федосеевцы владели частью старообрядческого Малоохтинского кладбища, где имели свою моленную и богадельню. Они считали светскую власть порождением антихриста, не молились за царя, отвергали брак, не допускали контактов с православными. Федосеевцы стали первыми жертвами гонений в 1840-е гг. Соседство поморцев с федосеевцами послужило непосредственным поводом к закрытию Малоохтинского кладбища. В 1850 г. обе моленные были запечатаны, а двумя годами позже появился указ, запрещающий старообрядцам хоронить на кладбище. Призреваемых в богадельнях перевели в благотворительные заведения Волковского кладбища, превратившегося в единственное действующее старообрядческое кладбище Петербурга. Кладбище отделили железной оградой, и в 1857 г. в перестроенном и расширенном по проекту М. П. Львова здании была освящена православная церковь во имя Усекновения главы Иоанна Предтечи. Эту богадельню содержал на свои деньги граф Г. А. Кушелев-Безбородко, известный публицист и благотворитель. На второй этаж этого здания перенесли домовую церковь.
В царствование Александра II отношение власти к старообрядцам смягчилось. Богатые купцы-поморцы А. Д. Пиккиев, В. И. Миронов и А. П. Орловский подали прошение о приведении кладбища в порядок. В прошении говорилось, что «вопреки закону о неприкосновенности кладбищ, малоохтинское раскольничье кладбище содержится и охраняется крайне небрежно и почти близко к уничтожению. Некоторые могилы разрыты, все бывшие около могил деревянные палисадники уничтожены, большая часть бронзовых крестов и складней похищены и деревянные кресты спилены. Из надгробных плит лучшие употреблены на тротуары при вновь устроенной богадельне графа Кушелева-Безбородко». В 1865 г. по высочайшему соизволению кладбище (две трети его были еще свободны) вновь передали поморцам, которым вскоре удалось построить рядом женскую богадельню на средства купца И. П. Михайлова, попечителя кладбища.
Смягчение закона о старообрядцах ознаменовало первые годы царствования Александра III. Так закон 1883 г. официально разрешил устраивать старообрядческие молельни в частных домах, хотя и без колоколов, глав и крестов. Ходатаем петербургских поморцев перед властями стал их единоверец Василий Александрович Кокорев. Имевший обширные связи, он немало помогал единоверцам. Благодаря его заступничеству в 1886 г. в доме рубашечника Никифорова на Лиговке начал действовать новый поморский молитвенный дом.
Во второй половине XIX в. петербургская поморская община переживает упадок. Происходит размывание некогда необычайно жестких и сложных норм бытового поведения, обязательных для старообрядцев, поморцы все чаще переходят в православие или к федосеевцам.
23 апреля 1889 года умер В. А. Кокорев и поморская община осиротела. Поморы вынесли из шикарного особняка на полотенцах дубовый гроб без единого гвоздя, и на руках донесли до Малой Охты. Фамильное захоронение Кокоревых до сих пор сохранилось в восточном углу кладбища. С этого момента хранителями малоохтинской общины стали богатые купеческие династии торговцев мануфактурой Кондратьевых, Киржаковых, Кончаевых, владельцев шляпных магазинов Молчановых, торговцев зерном Мерзлоуховых.
В 1906 г. был принят закон, позволявший беспрепятственно регистрировать старообрядческие общины. Этим правом первыми в России воспользовались петербургские поморцы. Не исключено, что это было связано с поддержкой зятя Кокорева, крупного чиновника В. П. Верховского.
Перед революцией в Петербурге жило около пяти тысяч поморцев, у которых было двадцать пять наставников. Кладбищем на Малой Охте управляли попечитель с помощником, избираемые Советом общины. В 1912 г. на Малой Охте похоронили пятьдесят человек, в 1913 г. – шестьдесят четыре, в 1914 г. – шестьдесят пять.
После революции кладбищу удалось уцелеть. Захоронения совершались до 1946 г., в это время кладбище закрывают. С 1932 г. кладбище долгое время поддерживала смотрительница М. М. Сальникова. Кладбище сохранило свои исторические границы, хотя каменную ограду со стороны Охты разобрали на кирпич. Во время войны на фундаменте старой часовни стоял зенитный расчет. В послевоенные годы, когда уничтожали Малоохтинское православное кладбище, расположенное неподалеку, на бывшее поморское перенесли несколько могил. В 1968 г. на нем числилось 2300 зарегистрированных могил: сейчас их осталось гораздо меньше.
В 1980 г. над старинным некрополем нависла угроза – Ленгорисполком принял решение о его ликвидации, планировались большие градостроительные работы. Позже от этого отказались, в пользу «корректировки существующих границ территории кладбища».